Desenvolvimento de um protótipo funcional de aplicação de bioinformática para análise descritiva e análise de associação.

Abstract

Atualmente as ferramentas da tecnologia da informação estão presentes em vários domínios de conhecimento, sempre com a finalidade de dar suporte às tarefas que se utilizem de dados como fonte de estudo. A bioinformática no caso é uma delas, e tem como base integrar a biologia molecular, a engenharia de software, a matemática, a estatística e a ciência da computação, visando o aumento da velocidade e o número de análises estatísticas voltadas para dados de genotipagem ampla. Este trabalho centra-se no desenvolvimento de um protótipo funcional de aplicação que possa informatizar a maior parte dos processos corriqueiros das análises de dados genômicos, como análise descritiva e análise de associação, em uma só aplicação, apresentando a maior usabilidade possível para os pesquisadores. Para tal desenvolvimento, foi necessária a compreensão dos domínios de conhecimento da Estatística, Biologia e Bioinformática e de suas respectivas ferramentas. O desenvolvimento deste trabalho envolveu a implementação da aplicação utilizando a linguagem Java, o reuso de componentes como R scripts, LaTex e Plink, o uso da UML para modelagem dos requisitos e classes da aplicação, e o desenvolvimento de protótipos de interfaces gráficas. A aplicação pode ajudar na produtividade de pesquisas ao ganhar tempo em relação a tarefas manuais corriqueiras executadas por pesquisadores durante o processo de análises.

Currently the tools of information technology are present in various fields of knowledge, always with the purpose to support the tasks that use of data as a source of study. Bioinformatics in the case is one, and is based on integrating molecular biology, software engineering, mathematics, statistics and computer science, in order to increase the speed and the number of analyzes aimed to statistics wide genotyping data. This work focuses on the development of a functional prototype application that can computerize the most ordinary processes of genomic data analysis, descriptive analysis and association analysis in a single application, with the highest usability possible for researchers. For such a development, it was necessary to understand the knowledge domains of Statistics, Biology and Bioinformatics and their respective tools. The development of this work involved the implementation of the application using the Java language, the reuse of components such as R scripts, LaTeX and Plink, the use of UML for modeling the requirements and application classes, and the development of GUI prototypes. The application can help productivity research to gain time compared to ordinary manual tasks performed by researchers during the analysis process.